O agronegócio está entre os setores mais impactados pelas mudanças na tributação do consumo. A LC nº 214/25 estabeleceu que o produtor rural, pessoa física ou jurídica, cuja receita bruta anual seja superior a R$ 3,6 milhões será automaticamente enquadrado como contribuinte dos novos tributos CBS/IBS, acarretando créditos para os adquirentes e podendo aproveitar créditos de seus custos com insumos, máquinas, serviços e logística. Abaixo desse valor, o recolhimento dos tributos é diferido para a etapa seguinte da cadeia, não gerando créditos regulares, mas apenas presumidos, mediante correto preenchimento dos documentos fiscais eletrônicos.

A reforma também estabeleceu alíquota zero para produtos da cesta básica e redução de 60% nas alíquotas de produtos agropecuários e insumos, o que justifica revisão das corretas classificações fiscais dos produtos pelos produtores rurais e agroindústrias, podendo acarretar possíveis discussões quanto ao correto enquadramento em reduções. A reforma traz ainda onerosidade indireta com o mecanismo do split payment, em que o tributo é recolhido no momento do pagamento da mercadoria e durante a transição de regimes, os produtores, agroindústrias e cooperativas conviverão com dois sistemas tributários simultaneamente.

No âmbito da redução de benefícios fiscais federais promovida pela LC 224/25, o agronegócio foi atingido pela reoneração nominal de produtos antes sujeitos a alíquota zero e pela redução e limitação de aproveitamento dos créditos presumidos. Houve ainda aumento da alíquota do Funrural, já que a Receita Federal publicou seu entendimento no sentido de que a contribuição previdenciária devida sobre a produção rural também é benefício fiscal previsto no Demonstrativo de Gastos Tributários anexo à Lei Orçamentária Anual de 2026, submetendo-se à redução do benefício em 10%, mas tal enquadramento é discutível.